JL516便は午後4時15分（定刻午後3時50分）に札幌を出発し、午後5時46分に着陸。NHKなどの報道によると、着陸直後に機体が炎上し、複数の消防車が消火活動を行っている。

詳しい原因は調査中。

事故の影響で、2日夜の羽田発着全便が欠航となった。全日本空輸（ANA/NH）によると、2日の同社便の欠航は国内線118便。このうち羽田の滑走路閉鎖によるものが110便、1日に発生した「令和6年能登半島地震」の影響によるものが8便だった。国際線の運航は、今後の滑走路の使用可否状況を見て判断するという。

炎上したA350はJALの同型機では13号機で、座席数は3クラス369席（ファーストクラス12席、クラスJ 94席、普通席26席）。2021年11月10日にエアバスから引き渡され、羽田には同月13日午後3時30分に到着し、同月18日に就航した。2022年1月1日の初日の出フライトの際、A350が初めて投入された機体が13号機だった。