日比谷公園をゴールとする10キロの部には臓器移植を受けた人や障害者を含む五千四十人が、フルマラソン（４２・１９５キロ）には約二万七千四百人が出場。午前九時すぎ、大会会長の石原慎太郎都知事の号砲で、西新宿の都庁前をスタートした。

約二百二十六万人（主催者発表）の観衆が声援する中、ランナー全体の９７・８％に当たる三万千七百二人が、制限時間の七時間以内に完走した。

大会には約五百人の医療関係者や約一万二千人のボランティアが参加した。

沿道に会場を設け、音楽や踊りなどでランナーを励ます「東京大マラソン祭り」もあった。

東京消防庁によると、男女各二人がレース中に足の痛みや腹痛を訴えて、救急車で病院に運ばれたが、全員軽症という。

藤原２位　五輪へ浮上　男子Ｖはロスリン
北京五輪の代表選考会を兼ねた東京マラソンの男子は、一般参加の藤原新(あらた)＝(26)、JR東日本＝が2時間8分40秒で日本勢最高の２位に食い込み、五輪代表の有力候補となった。２時間７分２３秒で大会記録を更新した世界選手権大阪大会の銅メダリスト、ビクトル・ロスリン（スイス）が優勝した。